S基金交易的几大涉税痛点

S基金交易按投资对象分，可以是基金层面份额的转让，可以是底层所投非上市企业的股权，又或者是更为复杂的模式。目前，我国股权投资基金架构主要为合伙型基金。

根据现行税法，合伙型基金转让项目获得收益，如果转让的是股票，基金有增值税纳税义务；如果是股份，基金不缴增值税。所得税方面，法人合伙人需要缴纳25%的企业所得税；自然人出资人需要缴纳20%的个人所得税（遵循先分后税的原则，在合伙人层面也可能涉及5%-35%的个人所得税）。

合伙型基金的投资人转让基金份额，对于个人投资者来说，以从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。法人投资者退出合伙企业时，应纳税所得额为转让收入减去投资成本，以及应分得的利润并入法人企业应纳税所得额，缴纳企业所得税。

上述仅是常规涉税事项。实务中，合伙型基金转让份额或是转让被投项目股权（股票）并非那么简单的事情，有限合伙税制本身有不少争议的地方，尤其在基金多层嵌套情况下，这些疑问在S基金转让时会依然存在。

在先分后税的穿透原则下，理论上基金层面有所得，合伙人就应该依法纳税。然而，在基金母子基金架构下，从底层的项目到顶层的投资者，会对纳税时间、扣缴义务、纳税地点提出挑战。

通常来说，底层项目初期收益低，成长期开始才会有所收益，基金层面有所得时按照“先分后税”原则是有纳税义务的，此处的“分”是对合伙企业应纳税所得额的划分，而不是实际分配。由于合伙企业层面年度亏损弥补最长不得超过5年，并不能涵盖项目运营的整个周期，这种情况很大程度会导致亏损弥补的不到位，也会对投资者退出或者基金退出项目带来一定程度上的阻碍。

依据财税〔2000〕91号，投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，企业投资者由注册所在地作为纳税地点。在多层结构的情况下，对个人合伙人的纳税地点，包括底层被投资企业利息、股息、红利往上分配的情况下，这个实际的纳税地点究竟在哪里呢。还有就是，对于个人合伙人利息、股息、红利所得，并不是按穿透征税的原则由个人合伙人缴税，而是由合伙企业合伙企业代为申报并扣缴，于是演变成到底由哪一层的合伙企业扣缴的疑问。

我们应该看到，毕竟如今的合伙型基金已经非之前早年间的合伙企业，当初的合伙企业法、合伙企业涉税规则与如今合伙型基金核算情况的严重不符。实务中，大家普遍认可以个人合伙人直投的那一层合伙企业为纳税地点，但这个并非官方观点，建议税务机关能以书面方式固定纳税地点的选择。

财税〔2008〕159号颁布的年代，对个人合伙人的利息、股息、红利单独按照20%征收有一定的合理性和便捷性。然而，随着合伙企业以及合伙基金尤其是创投类合伙基金的发展，无论是基金直投，还是母子基金，在投资企业时都有可能产生两层或两层以上合伙企业嵌套的情况。这种情况一定程度上对合伙企业的先分后税提出了挑战，也增加了税收征管工作复杂性。由于合伙企业并非所得税的纳税主体，在经过合伙制基金层面的第一层分配、第二层（多层）分配透至顶层为个人投资者时需要判断分配的收入性质，即合伙制基金分至最终自然人投资者时，这个收入被认定为经营所得还是股息红利所得。

目前，多层嵌套下，S基金的个人合伙人利股红收入性质的认定问题仍会存在诸多争议，多数情况下会被界定为经营所得按5%-35%的税率缴纳个人所得税。为规避税务风险，建议纳税人在缴纳所得税前与所管税务部门进行充分沟通后确定适用税率。

按照合伙企业穿透征税的内在原理，在所得税上，合伙人转让合伙企业份额和通过合伙企业处置资产，税务处理上并不是保持一致的：对于转让合伙企业份额，是按照财产转让进行处理，而对项目处置需要按照退伙清算。

S基金交易在基层层面可能并不是通过处置资产方式，此时对于这个投资人退出的计税基础的确定就会很成问题，因为承继基金份额的投资者支付的款项其实是包含溢价的。然而税法对此并未明确这个新进入投资者的计税基础是多少，进而造成该投资者在转让份额时形成重复征税的问题。

比如，甲基金由自然人A、公司B投资(作为有限合伙人出资金额1100 万，其中A出资100万)。该基金投了一家拟上市公司定向增发的股票，上市后基金持有的股权（暂不考虑其他合伙人的权益份额）变成了价值 5000 万。解禁后，自然人A以500 元出售份额给自然人C，后来C转让股票取得 1000 万元。问自然人A 如何纳税。

这个案例里， A 的个人所得税应该是（500-100）*20%=80 万元。撇开税率的争议，对于C转让时，有些税务机关认为会倾向税基为900（1000-100）其万元，而不是500（1000-500）万元。这样的解读就导致了一个实际上的重复征税效果，毫无疑问既不公平也不合理。这也是有些学者提出要对合伙企业持有资产和合伙人持有合伙份额的税基相互联动调整的原因所在。

单一投资基金核算文件的发布有个插曲。2018年，国家税务总局稽查局检查中发现有些地方政府为发展地方经济，引进投资类企业，自行规定投资类合伙企业的自然人合伙人按照“利息、股息、红利所得”或 “财产转让所得 ”项目征收个人所得税，税率适用 20%，认为该做法违背了《中华人民共和国税收征收管理法》第三条的规定，应当予以纠正。然而，投资类企业也确实有按照20%纳税的强烈意愿，完全堵死似乎不符合当时的实际情况，更不利于经济的发展。

2019年1月10日，税总联合财政部、发改委、证监会共同发布《财政部、税务总局、发展改革委、证监会关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕8号），该文规定对创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税，而创投企业选择按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。

值得一提的是，创投企业备案成创投基金选择采用单一投资基金核算时，从应纳税额及税后现金流来看，确实比整体核算有优势。然而，这种优势是在基金整体有盈余，且平均分布于项目各期的前提下。实际情况是，基金在投资早期亏损的情况多，选用单一基金核算会出现一些情况：财税〔2019〕8号仅适用创投企业的个人合伙人的股权转让所得和股息红利所得，且应分别核算，不得和基金混合抵扣；单一基金模式下，基金支付管理人的管理费、业绩报酬，自然人合伙人无法扣除，且该核算选用三年不得变更；单只基金运作产生亏损无法在企业整体弥补，更无法跨年弥补，一旦基金产品盈利出现波动，税负将成为不小负担。

因此，S基金选择单一基金核算模式很大程度来说既不经也不划算。

大多数基金设立之时通常会选择落户税收洼地，目的为转让时候能降低税收成本。国家税务总局公告2012年第27号、财政部、税务总局公告2021年第41号颁布后，对专门从事股权（股票）投资业务的企业，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的独资合伙企业，不得核定征收企业所得税、个人所得税的规定下，基金跑去洼地注册然后减持这种做法在如今形势下已然行不通。

从市场来看，目前存量较大的引导基金或者国资投资的基金已经陆续到了退出去，对国有背景基金份额转让转让的国内专门性市场先后有北京股权交易中心、上海股权托管交易中心试点进行。相信对于国有性质的基金份额的转让和退出会大有帮助。

来源：雁言税语